Принцип действия разный. КТ основана на использовании рентгеновских лучей (ионизирующее излучение): они проходят через ткани и позволяют построить объёмную модель. МРТ использует магнитное поле: ткань помещают в магнитное поле, она создаёт резонанс, который анализируется, и на его основе строится объёмное изображение внутренних структур.